Educational guide 2023_24 Facultade de Bioloxía

Contidos

Tema	Subtema
Aliñamento de secuencias.	Substitución, inserción e deleción. Matrices de puntos. Algoritmo de Needleman-Wunsch. Algoritmo de Smith-Waterman. Significatividad dun aliñamento. BLAST. Aliñamento múltiple.
Modelos de evolución molecular.	Saturación. Probabilidade de cambio. Modelos de substitución nucleotídica. Test das razóns de verosimilitudes. Criterio de información de Akaike. Selección Bayesiana. Inferencia multimodelo.
Métodos filoxenéticos.	Caracteres vs. distancias. Algoritmos e optimalidad. Paisaxes de árbores. Procuras exactas e aproximadas. Intercambios topológicos. Árbores consenso
Máxima parsimonia	Criterio de parsimonia. Parsimonia de Wagner e Fitch. Reconstrución de estados ancestrais máis parsimoniosos. Parsimonia de Dollo. Parsimonia de*Camin e Sokal. Parsimonia xeneralizada. Índices de consistencia e retención. Atracción das ramas longas.
Métodos de distancias.	Aditividad. Ultrametricidad. Criterio de Fitch-Margoliash. Mínima evolución. Corrección de distancias. Métodos algorítmicos: UPGMA e NJ.
Máxima verosimilitud.	Concepto de verosimilitud. Cálculo da verosimilitud en árbores. Algoritmo de poda. Reconstrución de estados ancestrais. Parsimonia e verosimilitud.
Inferencia Bayesiana.	Probabilidades a priori e a posteriori. Teorema de *Bayes. Bayes versus verosimilitud. Inferencia marxinal. Cadeas de Markov de Monte Carlo (MCMC). Mostraxe e converxencia MCMC.
Contrastes filogenéticos.	Erro e confianza filogenética. Comparación de topologías. Reloxo molecular. Test das taxas relativas