Guia docente 2023_24 Facultade de Bioloxía

Contidos

Tema	Subtema
Tema 1. Ferramentas Unix para a Bioinformática	Entorno Unix e liña de comandos. Servidores remotos. Acceso e manipulación de ficheiros. Expresións regulares. Utilidades e scripts de Bash.
Tema 2. Secuenciación masiva do ADN	Plataformas de secuenciación. Bibliotecas de secuenciación. Cobertura de secuenciación. Formato FASTQ. Control de calidade das lecturas.
Tema 3. Aliñación de secuencias	Concepto de aliñamento. Matrices de puntuación. Algoritmos de aliñamento. Mapeo de lecturas secuenciadas. Formatos SAM/BAM. Post-procesamento.
Tema 4. Identificación de variantes xenómicas	Tipos de variantes. Identificación. Formato VCF. Filtrado de variantes. Anotación. Variantes somáticas
Tema 5. Cuantificación da expresión xénica	RNA-seq. Deseño experimental. Aliñamento RNA-seq. Cuantificación. Análise da expresión diferencial.
Tema 6. Análise metaxenómica	Microbioma. Metaxenómica Análise 16S. Análise "shotgun". Diversidade alfa e beta. Anotación metagenómica.
Tema 7. Ensamblaxe e anotación de xenomas	Ensamblaxe. Contigs e scaffolds. Análise K-mer. Control de calidade da montaxe. Anotación do xenoma.