Page RDM & Holmes EC. 1998. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell Science, Inc. ISBN: 0-86542-889-1. Se trata de un texto sencillo e introductorio a la evolución molecular. (TEXTO PRINCIPAL).

Vandamme AM, Salemi M, Lemey P (eds). 2010. The Phylogenetic Handbook, 2nd Edition.  Cambridge University Press. Un libro muy práctico a un nivel muy asequible con ejemplos prácticos para trabajar. Muy recomendable.

Felsenstein J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc. ISBN: 0-87893-177-5. A día de hoy éste es el texto más riguroso y actualizado que existe sobre metodología filogenética. Bastante teórico.

Swofford D. 1996. Capítulo 11 en el libro "Molecular Systematics, Second Edition. 1996. Hillis, D. M., C. Moritz, and B. K. Mable (eds.). Sinauer Associates". Un capítulo excelente sobre metodología filogenética. El capítulo 12 de este libro trata de las aplicaciones de las filogenias.

Nei M & Kumar S. 2000. Molecular evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. ISBN 0-19-513584-7. Un buen libro con un tratamiento profundo de los métodos de distancias.