Guia docente 2023_24 Facultade de Bioloxía

Contenidos

Tema	Subtema
Tema 1. Herramientas Unix para la Bioinformática	Entorno Unix y línea de comandos. Servidores remotos. Acceso y manipulación de archivos. Expresiones regulares. Utilidades y scripts de Bash.
Tema 2. Secuenciación masiva del DNA	Plataformas de secuenciación. Librerías de secuenciación. Cobertura de secuenciación. Formato FASTQ. Control de calidad de lecturas.
Tema 3. Alineamento de secuencias	Concepto de alineamiento. Matrices de puntuación. Algoritmos de alineamiento. Mapeo de lecturas de secuenciación. Formatos SAM/BAM. Postprocesado.
Tema 4. Identificación de variantes genómicas	Tipos de variantes. Identificación. Formato VCF. Filtrado de variantes. anotación. Variantes somáticas.
Tema 5. Cuantificación de la expresión génica	RNA-seq. Diseño experimental. Alineamiento RNA-seq. Cuantificación. Análisis de expresión diferencial.
Tema 6. Análisis metagenómico	Microbioma. Metagenómica. Análisis 16S. Análisis "shotgun". Diversidad alfa y beta. Anotación metagenómica.
Tema 7. Ensamblaje y anotación de genomas	Ensamblaje. Contigs y scaffolds. Análisis de K-mers. Control de calidad del ensamblaje. Anotación de genomas.