Guia docente 2024_25 Facultad de Biología

Contenidos

Tema	Subtema
Tema 1. Herramientas Unix para la Bioinformática	Entorno Unix y línea de comandos. Servidores remotos. Acceso y manipulación de archivos. Expresiones regulares. Utilidades y scripts de Bash.
Tema 2. Secuenciación masiva del DNA	Plataformas de secuenciación. Librerías de secuenciación. Cobertura de secuenciación. Formato FASTQ. Control de calidad de lecturas.
Tema 3. Alineamento de secuencias	Concepto de alineamiento. Puntuación. Algoritmos de alineamiento. Mapeo de lecturas de secuenciación. Formatos SAM/BAM. Postprocesado.
Tema 4. Identificación de variantes genómicas	Tipos de variantes genómicas. Identificación. Métodos de identificación. Formato VCF. Variación estructural. Filtrado. Anotación.
Tema 5. Cuantificación de la expresión génica	RNA-seq. Diseño experimental. Alineamiento RNA-seq. Cuantificación. Análisis de expresión diferencial.
Tema 6. Ensamblaje y anotación de genomas	Ensamblaje. Algoritmos. Evaluación. Análisis de k-mers. Anotación de genomas.
Tema 7. Análisis metagenómico	Microbioma. Metagenómica. Análisis 16S. Análisis shotgun. Diversidad alfa y beta. Anotación metagenómica