TEMA 1. Introducción a las simulaciones computacionales de biomateriales. Evolución histórica y proyección.
TEMA 2. Principales métodos de modelado y simulación. Docking, Montecarlo y Dinámica Molecular.
TEMA 3. Campos de fuerza y niveles de resolución. Ventajas y limitaciones. Mapeos multiescala.
TEMA 4. Algoritmos y aproximaciones. Consideración de fuerzas de corto y largo alcance, baróstatos, termostatos, condiciones periódicas.
TEMA 5. Análisis: desviaciones y fluctuaciones, perfiles de densidad, coeficientes de difusión en 2 y 3 dimensiones, funciones de autocorrelación, funciones de distribución radial, etc.
TEMA 6. Métodos de cálculo de energías de Gibbs para diferentes procesos.
TEMA 7. Software y hardware: principales herramientas computacionales y cómo gestionar recursos de hardware. Motores de cómputo, paquetes de análisis y visualizadores.
TEMA 8. Casos prácticos: autoasociación de pequeñas moléculas, estudio de agregados supramoleculares, plegamiento-desplegamiento de macromoléculas, micelas y membranas. |
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