Guia docente 2023_24 Facultad de Biología

Contenidos

Tema	Subtema
Alineamiento de secuencias.	Substitución, inserción y deleción. Matrices de puntos. Algoritmo de Needleman-Wunsch. Algoritmo de Smith-Waterman. Significatividad de un alineamiento. BLAST. Alineamiento múltiple.
Modelos de evolución molecular.	Saturación. Probabilidad de cambio. Modelos de sustitución nucleotídica. Test de las razones de verosimilitudes. Criterio de información de Akaike. Selección Bayesiana. Inferencia multimodelo.
Métodos filogenéticos.	Caracteres vs. distancias. Algoritmos y optimalidad. Paisajes de árboles. Búsquedas exactas y aproximadas. Intercambios topológicos. Árboles consenso
Máxima parsimonia	Criterio de parsimonia. Parsimonia de Wagner y Fitch. Reconstrucción de estados ancestrales más parsimoniosos. Parsimonia de Dollo. Parsimonia de Camin y Sokal. Parsimonia generalizada. Índices de consistencia y retención. Atracción de las ramas largas.
Métodos de distancias.	Aditividad. Ultrametricidad. Criterio de Fitch-Margoliash. Mínima evolución. Corrección de distancias. Métodos algorítmicos: UPGMA y NJ.
Máxima verosimilitud.	Concepto de verosimilitud. Cálculo de la verosimilitud en árboles. Algoritmo de poda. Reconstrucción de estados ancestrales. Parsimonia y verosimilitud.
Inferencia Bayesiana.	Probabilidades a priori y a posteriori. Teorema de Bayes. Bayes versus verosimilitud. Inferencia marginal. Cadenas de Markov de Monte Carlo (MCMC). Muestreo y convergencia MCMC.
Contrastes filogenéticos.	Error y confianza filogenética. Comparación de topologías. Reloj molecular. Test de las tasas relativas