Guia docente 2011_12
Facultad de Biología
Máster Universitario en Metodoloxía e Aplicacións en Bioloxía Molecular
 Materias
  Metodoloxía para a análise da Evolución Molecular Usando o Paquete de Software HYPHY e a súa Linguaxe de Programación
   Contidos
Tema Subtema
Tema 1. Manejo de secuencias de ADN en Hyphy
1.1.- Instalación de Hyphy
1.2.- Ficheros de datos. Cálculo de la verosimilitud.
1.3.- Filtrado de datos (particiones y pautas de lectura)
1.4.- Cálculo de un árbol filogenético
1.5.- Selección de un modelo evolutivo
Tema 2. Contraste de hipótesis usando particiones múltiples

2.1.- Partición de los datos según posiciones de codón
2.2.- Contraste de hipótesis. Test de razón de verosimilitudes.
2.3.- Definición de un modelo de codones
Tema 3. Test del reloj molecular 3.1.- El reloj molecular
3.2. Test global de reloj molecular
3.3.- Test local de reloj molecular sobre la integrasa del HIV-1
Tema 4. Análisis de recombinación y selección 4.1.- Detección de recombinación
4.2.- Detección de selección
4.3 - Detección de selección en presencia de recombinación
Tema 5. El lenguaje de scripts de Hyphy 5.1.- Sintaxis del lenguaje Hyphy
5.2.- Calcular una verosimilitud
5.3.- Automatizar la repetición de análisis
5.4.- Escritura de resultados a fichero
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